1、杭州南站和杭州东站的主要区别是：车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同。
2、车站地址不同
3、杭州南站的车站地址位于浙江省杭州市萧山区站前路；而杭州东站的车站地址位于浙江省杭州市江干区全福桥路。
4、车站规模不同
5、建筑面积为平方米，站台规模：；而杭州东站的建筑面积为平方米，站台规模：。
6、主要线路不同
7、杭州东站的主要线路为：沪昆铁路、宣杭铁路、萧甬铁路、沪昆高速铁路、宁杭高速铁路、杭甬高速铁路、杭黄高速铁路；而杭州南站的主要线路为：沪昆铁路、萧甬铁路、杭甬高速铁路、沪昆高速铁路、杭黄高速铁路等。