3月7日教员设计自动化系统来帮助博物馆收集基因数据

密西西比州斯塔克维尔市——密西西比州立大学的一名教员正在开发一种为大规模研究解锁生物馆藏的首创方法，该方法将补充世界各地博物馆对馆藏进行数字化的努力。

密歇根州立大学生物科学助理教授和植物标本馆馆长 Ryan A. Folk 正在使用 432,781 美元的国家科学基金会三年期赠款，通过结合使用唯一对象标识符、二维码和公民科学家来自动化数据收集过程，或者招募非生物学家帮助数据采集。

“我们的目标是为科学界创造一种资源，”Folk 说，他正在与佛罗里达大学、威斯康星大学麦迪逊分校和爱荷华州立大学的研究人员合作。MSU 生物科学系博士后研究员Carolina Siniscalchi 也参与了该项目。

新方法使用一个唯一的对象标识符——隐藏在一个二维码中——分配并物理地附在每张植物标本馆凭证上，并且对标本进行拍照，标识符清晰可见。仅在植物界就有超过 250,000 个物种，Folk 表示，标本材料的获取和记录是“耗时且容易出错的”。

Folk 是春季版《植物科学应用》(Applications in Plant Sciences) 中的一篇论文的主要作者，该论文是系统发育学的旗舰出版物，是生物实体之间进化关系的研究。APPS 是一份经过同行评审的开放获取月刊，重点关注所有植物科学领域的新工具、技术和协议，可作为 Wiley 在线图书馆的一部分。文章在线https://doi.org/10.1002/aps3.11410。

“使用二维码系统，我们发布了一个系统，管理从植物标本馆到测序和数据分析的数千个样本。作为纸质文件，我们在大约两年内用基因组数据覆盖了 15,000 个物种，”Folk 说。“未来，我们希望所有此类馆藏信息都可以在线获取，方便查找，无需重复工作。”

“我们的工作流程基本上由几种策略组成，这些策略可以让您直接从走进博物馆一直到数据分析和发布，”Folk 说。“我希望我们的努力将启动以其他生物为重点的重大项目，并为种子植物固氮进化枝的生物多样性建立新的基线。”

土生土长的俄亥俄州阿克伦市，MSU 的 Folk 实验室使用基因组和生物信息学技术，使用各种植物群和栖息地从进化和生态角度记录植物多样性的起源。他的工作基于密歇根州立大学的植物标本室，收藏了来自世界各地的大约 35,000 个维管植物标本，重点是东南部

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