比较13种不同的CRISPR-Cas9 DNA剪刀

CRISPR-Cas9已成为用于切割特定DNA序列的最便捷，有效的生物技术工具之一。从化脓性链球菌Cas9(SpCas9)开始，已经设计了多种变体并将其用于全世界的实验。尽管所有这些系统都靶向并切割特定的DNA序列，但它们还表现出较高的脱靶活性，并具有潜在的有害作用。

由Hyongbum Henry Kim教授领导的基础科学研究院(韩国，IBS)内的纳米医学中心的研究团队已完成了CRISPR-Cas9活性的最广泛的高通量分析。该团队开发了基于深度学习的计算模型，可预测SpCas9变体针对不同DNA序列的活动。发表于《自然生物技术》上的这项研究为选择最合适的SpCas9变体提供了有用的指南。

这项研究超过了之前的所有报告，后者仅评估了最多三个Cas9系统。IBS研究人员比较了13个SpCas9变体，并确定了哪些四个核苷酸序列可用作原间隔子相邻基序(PAM)，这是Cas9切割所需的短DNA序列，并位于靶向切割的DNA序列之后。

此外，他们评估了六个不同的高保真SpCas9变异体的特异性，发现evoCas9具有最高的特异性，而原始的野生型SpCas9具有最低的特异性。尽管evoCas9具有非常高的特异性，但它在许多靶序列上也显示出较低的活性：这些结果表明，根据DNA靶序列的不同，其他高保真度的Cas9变体也可能是首选。

基于这些结果，IBS研究人员开发了DeepSpCas9variants(deepcrispr.info/DeepSpCas9variants/)，这是一种预测SpCas9变体活动的计算工具。通过访问该公共网站，用户可以输入所需的DNA靶序列，找到最合适的SpCas9变体，并充分利用CRISPR技术。

“当我们注意到不同SpCas9变体之间严重缺乏系统比较时，我们就开始了这项研究，” Kim说。“现在，使用DeepSpCas9变体，研究人员可以根据自己的研究目的选择最合适的SpCas9变体。”

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