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1、  本系成立於1964年，是清华大学在台复校最早成立的两个科系之一，近五十年来已培育超过四千六百位优秀的学生。

2、本系原名「核子工程学系」，核子工程是一门结合了机械、电子、材料、物理等领域的独特学问。

3、为凸显本系在机、电、材及工程物理等多元化教学研究的特殊性，并迎向未来科技中跨领域整合的潮流，本系於1997年更名为「工程与系统科学系」，将丰富的资源投入在更多具前瞻性的跨领域教学与研究，是目前亚洲最佳的跨领域整合科系之一，期望能为台湾培育未来的科技菁英。

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