在许多生物中，RNA介导的染色质调节是基因表达的核心，但迄今为止，人们对RNA调节DNA染色质包装并由此打开和关闭基因的机制的了解仍然很少。

但是，Caroline Dean教授实验室的方晓峰博士的新论文已经能够证明形成染色质的蛋白质与RNA处理机制之间的物理相互作用。这确定了反义RNA的加工如何影响染色质状态并定量调节拟南芥FLC基因座的表达。

该小组使用了一种称为交联核免疫沉淀和质谱分析(CLNIP-MS)的方法，该方法先前是由该小组与约翰·英内斯中心蛋白质组学小组的蛋白质专家共同开发的，该方法使用甲醛捕获植物中蛋白质的相互作用，否则会太短暂而无法学习。

在论文中，研究人员详细介绍了反义RNA COOLAIR如何与进行RNA加工的3'RNA加工因子结合。研究小组随后证明了这些3'RNA加工因子与改变染色质结构的蛋白质动态结合，称为FLD / LD / SD626，并且这种复合物共同阻碍了基因被开启的能力。

主要作者冯晓峰博士解释道;“这项工作是全面了解RNA介导的染色质沉默的重要一步。我们已经能够将RNA加工因子与染色质修饰剂进行机械连接。”

这些新近定义的物理联系导致染色质变化，从而关闭了FLC(调控开花的关键基因)。如果去除了3'加工因子或染色质修饰剂，则基因被打开。

有趣的是，尽管酵母中确切的等效机制仍然未知，但该过程显示出与酵母中的基因调控相似。表观遗传机制的保守性意味着这项工作与理解基因在所有生物体中如何开启和关闭有关。